תקציבם העיקרי של המו"פים (מחקר ופיתוח) החקלאיים, היישומיים, מבוסס על תקציב מהקרן הקיימת לישראל (קק"ל) ותמיכת תקציב ממשלתי, באמצעות משרד החקלאות. כיום עקב מצב בו אין ממשלה מתפקדת, אין שר חקלאות ותקציב המדינה תקוע, כל עוד לא עבר תקציב המדינה – נותרו המו"פים ללא תקצוב להמשך הפעילות המחקרית והעברת משכורות לחוקרים והעובדים
