ממשק הדברת העשבים בכותנה שמרני למדי ומבוסס על טיפולי קדם זריעה וטיפולי אחר זריעה. מרבית החלקות הנזרעות בכותנה נשארות חשופות במהלך החורף ונשמרות נקיות מעשבים באמצעות קלטורים ו/או קוטלי עשבים. מצב זה מביא בעקבותיו נזקי סחף קרקע, בעיקר בשטחים משופעים, ומחייב התמודדות עם עשבי החורף.
